En Unix y Linux, prácticamente todas las aplicaciones gráficas usan el "sistema de ventanas X" como la capa de software intercalada entre el hardware y la interfaz gráfica de usuario (GUI). El gestor de ventanas es la parte del software que controla la presentación de las ventanas en el 'Entorno de ventanas X'. La posición, bordes, y estilo de cualquier ventana la maneja el gestor de ventanas. Gnome trabaja conjuntamente con el gestor de ventanas para presentar las ventanas de las aplicaciones en la pantalla.
GNOME no depende de ningún gestor de ventanas en particular. Si decide cambiar de gestor de ventanas, Gnome mantendrá una interfaz consistente en las aplicaciones. Gnome dialoga con el gestor de ventanas para obtener información acerca de las ventanas de la pantalla. En cualquier caso, algunas de las funcionalidades de Gnome requieren un "gestor de ventanas compatible con Gnome" para funcionar correctamente, en particular la guía del escritorio así como la función arrastrar y soltar en el escritorio. Recomendamos a los nuevos usuarios usar un gestor de ventanas compatible con Gnome.
Algunos de los gestores de ventanas parcial o totalmente compatibles en el momento de redactar esta versión de la 'Guía de usuario GNOME' eran:
Sawfish (mas conocido como Sawmill)
Existen muchos gestores de ventanas en desarrollo que funcionarán con GNOME. Encontrara algunos de estos gestores en Índice de software GNOME .