Las opciones se pueden especificar en la línea de órdenes o en un fichero de opciones. La localización por defecto de este fichero es ~/.gnupg/options. Al especificar las opciones en el fichero options, se deben omitir los dos guiones que preceden a la opción y poner sólo el nombre de la opción seguido por un argumento. Las líneas precedidas por el signo almohadilla (#), al igual que las líneas en blanco, se ignoran.