Gnome è altamente configurabile: si può cambiare praticamente tutto, il colore di sfondo, le scorciatoie da tastiera, la posizione dei pannelli, i contenuti del menù principale e molto altro. La maggior parte di tali cambiamenti si possono fare usando il Centro di Controllo di Gnome, che si trova nel sottomenù Impostazioni del menù principale; tale menù permette anche di accedere a sezioni specifiche del Centro di Controllo; inoltre, prima di apportare qualsiasi modifica è indispensabile consultare la documentazione del Centro di Controllo.
Qui faremo solo una panoramica delle sue opzioni più comuni.
Potete cambiare lo sfondo del desktop selezionando Sfondo nella sezione Desktop del Centro di Controllo di Gnome, o, più velocemente, cliccando con il destro su una parte vuota del desktop e scegliendo Change Desktop Background dal menù pop-up).
Theme Selector permette di modificare il tema del desktop (o tema GTK), cambiando l'aspetto del menù principale e dei menù delle barre degli strumenti, delle barre di scorrimento, dei pulsanti e degli altri elementi dell'interfaccia grafica di tutte le applicazioni di Gnome. Molti utenti trovano che il tema GTK di default sia noioso, e la prima cosa che fanno è cercare di passare ad un altro.
Questa sezione permette di modificare le impostazioni del gestore delle finestre. In particolare, nella sottosezione Aspetto, si può modificare lo stile delle finestre (tema), che ne determina i bordi ed i pulsanti. Si può anche cambiare il carattere usato per le barre del titolo; se siete principianti, è meglio non cambiare altre impostazioni.
In questa sezione potete definire i programmi che vengono avviati automaticamente quando entrate in Gnome, abilitare o disabilitare i suggerimenti al login e la conferma al logout.
Inoltre, potete modificare le proprietà di vari elementi, tra i quali i pannelli e le icone del desktop, cliccandoci sopra con il destro e selezionando Proprietà dal menù pop-up. In questo modo potete modificare il titolo di un'icona, la dimensione e il colore di sfondo (o anche l'immagine di sfondo) del Pannello e molte altre cose.
Quasi tutte le applicazioni di Gnome hanno la possibilità di impostare le proprietà; basta cercare Proprietà o Impostazioni nei menù), ed è possibile cambiare, ad esempio, i colori usati dal Terminale di Gnome o renderlo trasparente -- le possibilità sono illimitate!