Tutti prima o poi abbiamo dei problemi, quindi ecco dei suggerimenti su come gestire quelli più comuni.
Se un'applicazione è entrata in stallo o si è congelata, cioè se non risponde ai click del mouse ed ai comandi di tastiera, potete aspettare e sperare che si risvegli, oppure ucciderla. Se decidete per quest'ultima possibilità (NOTA: perderete tutti i dati non salvati), avviate il Monitor di sistema dal sottomenù Sistema del menù principale), cliccate con il destro sul nome dell'applicazione congelata e scegliete Termina adesso. Il Monitor di sistema vi permette anche di trovare ed uccidere tutti i processi correlati che sono stati avviati dall'applicazione.
Se un'applicazione di Gnome si congela o muore inaspettatamente più volte, dovreste mandare un bug report seguendo le istruzioni descritte in la sezione Feedback.
Se il sistema si è bloccato completamente e non risponde, non abbiate fretta di spingere il pulsante di "reset" sul computer, dato che questa è spesso la soluzione peggiore. Con più probabilità, non è il sistema operativo in sé che è bloccato, dato che i sistemi Unix sono noti per la loro stabilità, ma solo la parte grafica, il Sistema X Window. In questo caso, potete cercare di riavviare X premendo simultaneamente Ctrl-Alt-Backspace. che dovrebbe funzionare per l'implementazione del Sistema X Windows usata su Linux e *BSD, XFree86, a meno che non sia stato disabilito dall'amministratore. Naturalmente, in questo modo si perdono tutti i dati non salvati, ma almeno non si rischia di rovinare tutto il filesystem.
Se avete dei problemi più seri delle icone del desktop, ad esempio se manca il pannello, la soluzione radicale è di cancellare tutti i vostri file di configurazione di Gnome ed inziare da zero. Ovviamente si tratta di una soluzione di emergenza, dato che perderete tutte le impostazioni e dovrete riconfigurare da capo i menù, i pannelli e tutto il resto a partire dalla configurazione di default. Questa operazione però influisce solo sulla configurazione di Gnome, e tutti i dati e le impostazioni delle applicazioni che non fanno parte di Gnome rimangono intatti.
Per rimuovere tutti i file di configurazione di Gnome e ritornare alla situazione originale, fate logout e poi login di nuovo tenendo premuti i tasti Ctrl e Shift (subito dopo aver inserito la password nella finestra di dialogo di login). Vi verrà presentata una finestra di dialogo, che vi offre la scelta di resettare la sessione salvata, cioè le applicazioni aperte quando avete fatto logout l'ultima volta, resettare la configurazione o entrambi.
Infine, se avete dei seri problemi e il sistema si blocca o diventa altrimenti inutilizzabile subito dopo il login, avete un'ultima opzione; potete scegliere il tipo di sessione Failsafe invece di quella di default di Gnome nella schermata di login, che è supportato dai login manager sia di Gnome che di KDE. In questo tipo di sessione non viene avviato Gnome, ma solo una finestra di terminale, che non ha quasi mai problemi; se sapete come usare gli strumenti da linea di comando per mettere a posto le cose avete questa possibilità, altrimenti chiedete ad un esperto.