Gnome 1.4 contiene una "shell grafica", Nautilus, che combina le funzioni di browser per la guida, di browser Web, client FTP e molte altre ancora. Per lanciarlo, selezionate Nautilus dal menù principale, o fate doppio click sull'icona di una directory sul desktop.
Come la maggior parte dei file manager grafici, Nautilus mostra il contenuto della directory selezionata usando delle icone per rappresentare i file e le sottodirectory. Facendo doppio click su un file o su una directory la si apre; per i file dei dati, questo corrisponde ad aprire l'applicazione appropriata ed il file dentro di essa. Facendo click destro su un file o su una directory appare un menù pop-up, usando il quale si può cancellare o rinominare il file, visualizzarne e cambiarne le proprietà ed i permessi, ed altro.
Nautilus fornisce anche un modo semplice di spostare un file da una directory ad un'altra, di aprire ciascuna directory in una diversa finestra di Nautilus selezionando New window dal menù File di Nautilus. Selezionate il file che vi serve e trascinatelo da una finestra all'altra usando il mouse, oppure sul desktop.
Nautilus fornisce molti altri strumenti per manipolare i file, ed è altamente configurabile, e quindi è facile cambiare il modo in cui vengono visualizzati, ad esempio scegliendo un'icona personalizzata. Per la descrizione di tutte queste funzionalità si veda il manuale di Nautilus.
Oltre ad essere un file manager, Nautilus è anche un browser per la documentazione installata sul sistema; non solo quella di Gnome, ma anche le pagine man Unix, le pagine Info (un formato di documentazione usato dalle utility del progetto GNU) ed altri tipi. Per vedere l'elenco della documentazione installata sul sistema, cliccate sulla linguetta Aiuto nel pannello di sinistra di Nautilus.